มูลนิธิเพื่อนช้างมีโครงการที่ดำเนินการอยู่ 6 โครงการ:
- โรงพยาบาลช้าง(แห่งแรกของโลก): โครงการหลักของมูลนิธิฯ มีช้างอยู่ประจำจำนวน 5 เชือก และช้างผู้ป่วยในอีกทั้งสิ้น 54 เชือกในปี 2558
- โครงการสัตวแพทย์สัญจร: เป็นโครงการที่มีความสำคัญและเป็นที่ต้องการอย่างมาก ทีมแพทย์ของมูลนิธิเดินสายทั่วภาคเหนือของไทยเพื่อตรวจสุขภาพและรักษาช้างตามพื้นที่ โครงการสัตวแพทย์สัญจรช่วยเหลือช้างได้กว่า 82 เชือกในปี 2558
- การช่วยเหลือช้างอาละวาดและตกมัน: ในกรณีที่ช้างถูกทารุณหรืออึดอัดจากการถูกกักขัง ช้างอาจจะอาละวาดจนก่อความอันตรายต่อชีวิตของตัวเองและคนรอบข้าง เช่นเดียวกับช้างพลายในวัยเจริญพันธุ์ที่มีระดับฮอร์โมนสูง ทีมแพทย์ของมูลนิธิเพื่อนช้างพร้อมเดินทางเข้าช่วยเหลือกันช้างให้ปลอดภัย ผู้ที่ขาดความเข้าใจมักเลือกวิธีทำร้ายหรือแม้กระทั่งฆ่าช้างเหล่านี้
- การแก้ให้คำแนะนำสุขภาพช้าง: นับเป็นเรื่องดีที่เจ้าของและผู้ดูแลช้างจำนวนหนี่งแสวงหาและยินดีรับฟังคำแนะนำต่างๆเพื่อปรับปรุงวิธีการดูแลช้าง แต่ก็ยังมีปัญหาบางเรื่องที่เจ้าของไม่สามารถจัดการได้เอง โรงพยาบาลช้างของมูลนิธิฯจึงจัดให้มีการให้ความรู้อย่างต่อเนื่อง พร้อมมีทีมสัตวแพทย์ให้คำแนะนำแก่เจ้าของช้างเรื่องสุขภาพช้างและการดูแลที่เหมาะสม
- การประสานเครือข่ายในและระหว่างประเทศ: แวดวงผู้อนุรักษ์ช้างลดขนาดลงตามประชากรช้างที่ลดจำนวนลงเรื่อยๆทั้งในประเทศไทยและเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ความใส่ใจและการเป็นกระบอกเสียงให้กับช้างก็ลดตามลงไปด้วย มูลนิธิเพื่อนช้างจึงต้องทำงานอย่างแข็งขันเพื่อรักษาเครือข่ายที่เชื่อมโยงระหว่างกลุ่มต่างๆที่มีเป้าหมายร่วมกันในการอนุรักษ์ช้างเอเชีย ตลอดจนทำงานร่วมกับหน่วยงานภาครัฐและผู้กำหนดนโยบายที่เกี่ยวข้อง และนำสารที่ได้รับจากความร่วมมือดังกล่าวเผยแพร่สู่สาธารณะ
- การจัดหาทุนสนับสนุนการดำเนินงาน: งานของมูลนิธิเพื่อนช้างและโรงพยาบาลช้าง (ด้วยค่าใช้จ่ายการดำเนินงานกว่า 12 ล้านบาทในปี 2558) จะไม่สามารถดำเนินต่อไปหากปราศจากการระดมทุนอย่างต่อเนื่องและความตระหนักในสังคม การดำเนินงานจะต้องเป็นไปอย่างยั่งยืนและต่อเนื่องไม่ขาดตอน